В Азербайджане 570 религиозных организаций прошли государственную регистрацию, 20 из них — неисламского направления. 30 религиозным объединениям на законных основаниях было отказано в регистрации, однако позднее два из них, после устранения выявленных недочетов, были зарегистрированы.
В связи с несоответствием документов требованиям законодательства, документы 191 исламской общины были возвращены в Управление мусульман Кавказа.
В процессе регистрации иногда спорные вопросы решаются в суде. Но во всех случаях инициатором решения вопроса на судебном уровне выступали только религиозные общины.
Религиозные общины, ранее прошедшие регистрацию, но по определенным причинам не прошедшие регистрацию заново, сохраняют юридическую силу старых удостоверений и не теряют статуса юридического лица.
Как правило, какие-либо проблемы в процессе государственной регистрации связаны не с Госкомитетом, а с самими религиозными общинами. Согласно законодательству, наряду с первой регистрацией религиозных общин в сентябре 2009 года, начался процесс повторной регистрации ранее зарегистрированных религиозных общин.
