Учёные из Германии, Америки и России предложили алгоритм для эффективного автоматического поиска генов. Разработка соединяет в себе преимущества наиболее продвинутых инструментов для работы с геномными данными.
Алгоритм BRAKER1, предложенный учеными, определяет, какие области в ДНК являются генами, а какие — нет. Для этого он определяет наиболее вероятное разбиение генома на кодирующие и некодирующие области.
Разработанную программу скачало уже более 1500 различных центров и лабораторий. Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими алгоритмами. Примерный хронометраж BRAKER1 на одном процессоре составляет приблизительно 17,5 часов для обучения и предсказания генов на геноме длиной 120 миллионов пар оснований.
В дальнейшем время работы алгоритма может быть уменьшено за счёт использования параллельных процессоров. Определение генов — участков молекулы ДНК, по которым синтезируются РНК и белки — является одной из главных задач биоинформатики.
Дело в том, что для многих исследований нужна информация не обо всей ДНК (длина которой составляет 2 метра для одной человеческой клетки), а только об этих информативных фрагментах ДНК. В будущем с помощью этих данных медики смогут диагностировать болезни сердца, диабет и рак. Об этом пишет ТАСС.
