Власти Греции используют памятники исламской архитектуры Османской эпохи не по назначению, что наносит серьезный урон историческому наследию страны. Многие мечети превращены в военные тюрьмы, кинотеатры, провинциальные администрации, общежития и складские помещения.
Кроме того, десятки мечетей закрыли для посещения верующими мусульманами, а некоторые из них были преобразованы в церкви. Многие заброшенные здания подверглись разрушению с течением времени.
Мечеть Фетхие в Афинах, построенная султаном Мехметом Завоевателем в 1458 году, в настоящее время используется в качестве выставочного зала. А мечеть Цисдараки была перепрофилирована в музей керамики.
Не осталось никаких следов и от ряда других исторических зданий Османского периода, которые были зарегистрированы в архивах и ежегодниках. Построенная в 1484 году мечеть Аладжа Имарет, тоже находящаяся в Салониках, также была превращена в музей.
Мечеть Йени, построенная в 1904 году, закрыта для совершения намаза, а ее минарет разрушен. В настоящее время она является выставочным залом муниципалитета. Мечети и исторические здания во многих других греческих городах, таких как Янина, Крит, Лариса и Кавала, постигла та же участь.
