Одно из наиболее известных татарских медресе «Хусаиния» было основано в 1889 году братьями Хусаиновыми, в честь которых и получила своё название. Оренбургские купцы и общественные деятели Ахмад, Габдельгани и Махмуд Мухамадгалиевичи занимались меценатской деятельностью. На их средства открылись свыше 60 медресе и мектебе, издавались книги, содержались многие мусульманские учебные заведения.
Изначально медресе планировали построить в деревне Каргала при 9-ой мечети.
Этот населённый пункт имел в то время более 10 тысяч жителей и назывался городом. Но противники новометодных школ с помощью доносов добились запрета строительства, и Хусаиновы решили возвести медресе в Оренбурге. Примечательно, что из доставленного в Каргалы материала была построена одноэтажная приходская школа.
Медресе «Хусаиния» сформировалось благодаря объединению трёх небольших духовных учебных заведений: медресе Хайрутдина хальфы, медресе Дамеллы Шагимардана хазрата и медресе Сунгатуллы эфенди. Хусаиновы приобрели землю для строительства образовательного комплекса. На его территории располагался основной трёхэтажный учебный корпус, мечеть, дом для имама и здание для персонала медресе. Все здания были кирпичными. На постройку медресе меценаты затратили огромные по тем временам деньги — 97 тыс. рублей.
Учебным заведением управлял попечительский и педагогический совет. По требованию основателей, директором «Хусаинии» мог стать человек, имеющий право преподавания в высших классах и выдержавший экзамен на звание имама. За время существования медресе его возглавляли известные учёные: Габдулгалим Давлетшин, Габдрахим Даминов, Ризаэтдин Фахретдинов, Тагир Ильясов, Ханафи Бакиров.
В некоторые годы число шакирдов «Хусаинии» достигало 500 человек. В оренбургское медресе приезжали учащиеся со всей России, Крыма, Кавказа, Средней Азии и Сибири. Иногородние слушатели размещались не только в общежитии, но и в других домах, принадлежавших Хусаиновым. По завещанию они считались собственностью медресе «Хусаиния».
В медресе существовали строгие правила внутреннего распорядка дня, и все шакирды носили единую форму. Как и во многих джадидистких медресе, обучение в «Хусаинии» было платным. Родители воспитанников вносили от 10 до 300 рублей в год. Медресе обеспечивало неимущих шакирдов учебниками, одеждой и средствами на время каникул. Часто педагоги просили освободить от платы за обучение успевающих воспитанников.
Первоначально в медресе функционировала 14-классная система. Она состояла из трёх начальных (ибтидаия), четырёх средних (рушдия), четырёх подготовительных (игдадия) и трёх высших классов (галия). Обучение в них велось на татарском языке. Были ещё начальные классы, где занятия проходили на русском языке. В медресе существовал подготовительный класс, тахзирия, для желающих перевестись из других учебных заведений.
Новометодное медресе «Хусаиния» уделяло большое внимание естественным наукам. Его программа была близка курсу реального училища. Например, здесь преподавалась химия, в то время как в гимназиях этот предмет не вводили. Как и во всех медресе, в «Хусаинии» обучали Исламу, но эти занятия не были профильными. Здесь готовили всесторонне образованных учителей начальных, средних и высших школ, работников культурных и хозяйственных учреждений. Шакирды, желающие стать имамами, должны были самостоятельно сдавать экзамен муфтию. К тому же, в отличие от многих медресе, в «Хусаинии» велись занятия по углублённому изучению русского языка.
Медресе было оснащено по последним западным и российским стандартам. На оборудование физической и химической лаборатории, кабинета по естествознанию и приобретение наглядных пособий ежегодно тратились большие средства. Члены попечительского комитета Рамеевы преподнесли в дар «Хусаинии» сделанное в Германии оборудование для кабинета физики. В медресе существовал разнообразно оснащенный кабинет труда.
По традициям того времени, медресе имело две библиотеки: ученическую и общую. В них помимо богатого выбора учебников имелась художественная, философская, педагогическая, медицинская, сельскохозяйственная, историческая и научно-популярная литература, а также энциклопедии, словари, справочники, необходимые для работы преподавателей. В фондах были издания на татарском, русском и различных иностранных языках. В библиотеку медресе поступали все татарские периодические издания, а также специализированные газеты и журналы на русском, турецком, арабском языках.
В 1906 году в новое здание медресе переехала богатейшая библиотека Оренбургского мусульманского просветительского общества «Белек». Отныне педагоги и воспитанники «Хусаинии», а также семьи служащих и рабочих получили возможность пользоваться её фондами.
Примерно в это же время в медресе был организован оркестр, а незадолго до Октябрьской революции — общество «Музыка-драма». В 1918 году в «Хусаинии» открылась музыкальная школа, где работали и русские исполнители. Её возглавлял известный композитор Салих Сайдашев. Также в медресе шакирды могли изучать древнее искусство Востока под руководством мугаллима и художника Салаха Камала.
В медресе «Хусаиния» преподавали Р. Фахретдинов, С. Рамиев, Дж. Валиди, С. Сунчаляй, Ш. Камал, Ф. Карими, Г. Шнаси, Ш. Бурхан и другие выдающиеся педагоги. Благодаря их переводам стали доступны на татарском языке многие произведения мировых классиков: «Марсельеза» К.Ж.Руже де Лиля, «Овод» Э.Л.Войнич, «Спартак» Р.Джованьоли, «Интернационал» Э.Потье.
За годы существования в «Хусаинии» получили образование около 1500 шакирдов. Среди выпускников — известные личности: И. Кудашев-Ашказарский, М. Файзи, Ш. Усманов, А. Тагиров, Ф. Булатов, Г. Сагди и другие.
В 1916/1917 учебном году в медресе было 10 классов: 4 начальных, 4 средних и 2 высших. В них обучалось 227 учеников, 57 из которых находились на пансионе. После Октябрьской революции медресе было преобразовано в учительский институт Хусаиновых.
