Крымская мечеть «Муфтий-Джами» была построена в османскую эпоху. В 1475 году Каффа со всеми генуэзскими владениями стала одним из главных турецких портов на Чёрном море.
Город часто называли Кючюк-Истанбул — Маленький Стамбул и Крым-Стамбул, подчеркивая его важность и большое население. И потому османский стиль прослеживается и в архитектурном решении мечетей в городе. Религиозным постройкам здесь уделяли большое внимание. Это проявилось в названиях махалле: обычно квартал называли по названию мечети, а мечети, в свою очередь, получали имена строителя или же имама.
Сам город делился на три большие части: внутреннюю крепость, наружную крепость и пригород. Внутреннюю крепость называли франкской, где располагалась администрация. Во внешней крепости жили ремесленники, торговцы, музыканты, а в пригороде — простой народ. Христиан и иудеев не пускали во внутреннюю крепость, дозволяя строить дома лишь во внешней и в пригородах. Мусульманское население делилось на две категории: платившие в казну налоги и освобождённые от них. Ко второй категории относились чиновники, военные, педагоги и учёные, а также нищие.
Мечеть в Феодосии возведена в традиционном османском архитектурном стиле в 1623 году. По такому образцу строились мечети в Крыму вплоть до середины XIX века. Кстати, сегодня «Муфтий-Джами» — единственное средневековое мусульманское культовое сооружение, которое сохранилось в городе с периода турецкого владычества.
Стены мечети сложены чередованием бута и кирпичной кладки, минарет возведён из тесаного известняка. В квадратном здании площадью 40 кв.м. имеются три входа: с северной стороны главный, западный и восточный. В западной части мечети есть дверь, через которую можно подняться на минарет, а также на внутренний балкон. Он располагается на массивных узорных колоннах из чугуна, переданных мечети городским краеведческим музеем. Кровля здания выполнена сферическим куполом, украшенным скругленными кверху проёмами окон. Внутри «Муфтий-Джами» сохранились фрагменты росписи. Михраб получил уникальный вид благодаря углублению во вторичной южной стене.
Перед мечетью раньше находилось дюрбе, которое не сохранилось до наших дней. Об этом строении упоминали многие путешественники, посетившие город в 17—18 веках.
Долгие годы «Муфтий-Джами» служила сначала туркам, потом крымским татарам, и с 80-х годов XVIII века, после аннексии Крымского ханства Российской империей, вплоть до 30-х годов XX века являлась собственностью католической общины Феодосии. В ней находился армянский католический храм Успения.
В 1975 году, после долгого разрушительного запустения, стараниями крымских и киевских реставраторов мечеть приобрела первоначальный облик. В 90-е годы ХХ века здание было возвращено мусульманской общине. Сегодня «Муфтий-Джами» является действующей мечетью, с 1998 года в ней проводятся регулярные богослужения. И как памятник архитектуры и искусства мечеть гармонично вписывается в архитектурный ансамбль исторической части города.
