Токийскую мечеть построили татары-мусульмане. В этом году она отмечает свое 80-летие.
Массовое переселение татар-мусульман из территории России в Японию состоялось после Октябрьской революции. За 10 лет (с 1920 по 1930 год) их численность увеличилась в 10 раз и достигла 5-6 тысяч человек. По данным историка Рафаила Адутова, мусульмане проживали в городах Токио, Иокогама, Осака, Киото, Кобэ, Нагоя, Кавасаки. В те годы в каждом из них действует отделение махалли «Исламия» («Исламия Токио», «Исламия Кобэ» и т.д.). Было учреждено и Духовное управление мусульман Японии, ее первым председателем был Ибрагим хазрат Абдрашит. Среди его отделений наиболее крупным и активным являлось отделение «Исламия Токио», официальное учреждение которого состоялось в 1924 году.
Первая волна эмиграции татар в 1918 — 1920 годах принесла ислам в Страну восходящего солнца, и именно благодаря проникновению татарской эмиграции Ислам был признан одной из четырех официальных религий страны наравне с буддизмом, синтоизмом и христианством.
В 1986 году Токийская мечеть, вследствие аварийного состояния здания, после землетрясения, была снесена. В 1998 году, при поддержке турецкого правительства, началось строительство новой мечети, завершённое в 2000 году. Стоимость работ составила 1,5 миллиона иен. Проект был подготовлен архитектором Мухарремом Хилми Сеналпом. Само строение выполнено в стиле османской религиозной традиции. Открытие мечети состоялось 30 июня 2000 года.